Zur Durchführung des Programms war von der Stadt Dessau eine Organisationsstruktur gewählt worden, die den Ansprüchen an die Gemeinschaftsinitiative gerecht wurde.
Federführend verantwortlich für die Koordination in der Stadt Dessau war der Bereich Stadtentwicklung des Dezernates I als URBAN-Geschäftsstelle. Inzwischen hat das Amt für Stadtentwicklung, Stadtplanung und Denkmalpflege die Verantwortung übernommen.
Der URBAN-Beirat als Kontrollinstanz zeichnete verantwortlich für die Auswahl, Begleitung und Durchführung der Maßnahmen und Aktionen.
Ein externes Management unterstützte die Stadt Dessau bei der Gesamtkoordination, der Finanzkontrolle, des Berichtswesens sowie der Öffentlichkeitsarbeit.
Eine Schnittstelle zur Bevölkerung, zu den agierenden WISO-Partnern und Bürgerinitiativen im Programmgebiet bildete das URBAN-Forum.
